Im oberbayerischen Landsberg geboren, wuchs Markus Brutscher in Augsburg auf. Bei den Regensburger Domspatzen und den Augsburger Domsingknaben erfuhr er eine frühe musikalische Ausbildung, bevor er an der Berliner Hochschule für Musik „Hanns Eisler“ und bei Mia Besselink in Maastricht Gesang studierte.
Bereits während seines Studiums zählte Markus Brutscher zu den gefragtesten jungen Tenören in Deutschland. Heute tritt er in allen bedeutenden Musikzentren Europas, Amerikas und Asiens auf. Er ist ständiger Gast renommierter internationaler Festivals, unter anderem in Berlin, Leipzig, Halle, Ansbach, Salzburg, Wien, Paris, Boston, Toronto, Rio de Janeiro, in Japan und Israel.
Eine kontinuierliche Zusammenarbeit verbindet ihn mit führenden Orchestern in Europa und Amerika sowie mit herausragenden Dirigenten wie Andrew Parrott, Frieder Bernius, Robert King, Peter Neumann, René Jacobs, Michael Schneider, Gary Bertini, Reinhard Goebel, Hermann Max, Christoph Schoener, Helmuth Rilling, Martin Haselböck, Marc Minkowski, Harald Schneider, Wolfgang Katschner, Christoph Spering und anderen.
Obwohl Markus Brutscher schon frühzeitig als Spezialist für Alte Musik galt, umfaßt sein weitgefächertes Repertoire Werke aller musikalischer Epochen vom Frühbarock bis in die Moderne. Zunehmend widmet er sich dem Opernrepertoire. Erste szenische Erfahrungen sammelte Markus Brutscher bereits als Knabensopran in „Hänsel und Gretel“ sowie als Lehrbube in den „Meistersingern von Nürnberg“. Später war er in zahlreichen Inszenierungen zu sehen, so als Alessandro in Mozarts „Il Re pastore“ in Antwerpen und Brüssel, als Adrasto in Traettas „Antigone“ in Brügge, Antwerpen, Salamanca und Brüssel, als Kreonte in der selben Oper am Stadttheater Gießen, als Monostatos in Mozarts „Zauberflöte“ unter Marc Minkowski in der spektakulären Inszenierung der „La Fura dels Baus“ sowohl bei der RuhrTriennale in Bochum als auch im Teatro Real Madrid, als Eisenstein in Johann Strauss‘ „Die Fledermaus“ wiederum im Stadttheater Gießen, als Wanda in Janaceks „Katja Kabanova“ am Stadttheater Bielefeld und erneut als Monostatos diesmal an der Württembergischen Staatsoper Stuttgart, u.a. mit Gastspiel in Tokyo. Ferner sang er den Monostatos und Scaramuccio in „Ariadne auf Naxos“ am Opernhaus Bilbao sowie den Max in „Der Freischütz“ in der Opernarena Reinsberg in Österreich.
Die Fachpresse lobt einhellig Markus Brutschers hohe Musikalität, das außergewöhnliche Timbre seiner Stimme sowie seine stimmtechnische und stilistische Souveränität. Internationale Anerkennung erfährt auch sein hohes Engagement für zeitgenössische Musik. Eine mehr als 40 Aufnahmen umfassende Diskographie dokumentiert seine Vielseitigkeit (u.a. bei Sony Classics, EMI, Capriccio und Thorofon).